欢迎来到 Guang-Wen Duan (Dennis Duan) 的个人 Wiki https://www.gwduan.com/wiki/ 2026-04-12T22:08:24+00:00 https://www.gwduan.com/wiki/ https://www.gwduan.com/wiki/lib/exe/fetch.php?media=wiki:dokuwiki.svg text/html 2014-11-01T02:02:49+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.gwduan.com/wiki/doku.php?id=computer:perl:fasta_split&rev=1414807369&do=diff 分割序列矩阵fasta_split.pl 矩阵格式 要处理的FASTA序列矩阵格式如下（数据已处理过，非真实数据）： >CPBOL076-11|JF952978|LiujqAB08|Abies squamata|matK CGATCGTTGTCTCATGGATCTTTCCCTGATCAAACTCATTTTGATCGAAAGATCAAACATATTATCAGAAATTATCGTCG AAATTCACTGAAAAGTATCTGGTCGTTGAAGGATCCTAGAATTCACTATGTTAGATATGCAGAAAGATCTATTATAGCTA TAAAGGGTACTCATCTCCTAGTGAAAAAATGTAGATATCATCTTCCAATTTTTCGGCAATTTTATTTCCATCTTTGGTCC GAACCATATAGGGTATGTTCTCATCAATTATC >CPBOL121-11|JF953012|Yangqe0222|Aconitum angustius|matK GCCCCCTTTTTGCACTTATTGAGACTCTTTCTCTACGAGTATCATCATTGG… text/html 2014-11-01T02:02:49+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.gwduan.com/wiki/doku.php?id=computer:perl:institutions-insert&rev=1414807369&do=diff 向数据库插入数据institutions-insert.pl 这是一个通过DBI接口向Oracle数据库插入数据的例子。 DBD-Oracle模块 使用Perl操作Oracle数据库，除了标准的DBI模块外，还需安装特定的Oracle驱动模块，即DBD-Oracle，同时机器上已经安装好相应的Oracle客户端软件。 text/html 2014-11-01T02:02:49+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.gwduan.com/wiki/doku.php?id=computer:perl:museums-insert&rev=1414807369&do=diff 另一个数据库插入例子museums-insert.pl 这是另一个向Oracle数据库插入数据的例子，与institutions-insert.pl相同的部分不再描述。 表结构 除了表Institutions，另一张表是： CREATE TABLE Museums ( museum_id VARCHAR2(128 CHAR) NOT NULL, name_cn VARCHAR2(128 CHAR) NOT NULL, name_en VARCHAR2(512 BYTE), address_cn VARCHAR2(256 CHAR), address_en VARCHAR2(1024 BYTE), website_cn VARCHAR2(128 CHAR), website_en VARCHAR2(512 BYTE), desc_cn VARCHAR2(… text/html 2014-11-01T02:02:49+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.gwduan.com/wiki/doku.php?id=computer:perl:perl&rev=1414807369&do=diff Perl语言 Perl是Practical Extraction and Report Language的缩写，由Larry Wall在1987年发明。 Perl语言的优势在于其强大的正则表达式（Regular Expression）表现力，非常适合处理文本应用。当然，其过于灵活的特性，也使得维护较大规模的Perl代码变得困难。所以，Perl适合快速开发一些“急功近利”的小规模应用（100行代码上下）。 text/html 2014-11-01T02:02:49+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.gwduan.com/wiki/doku.php?id=computer:perl:seq_content&rev=1414807369&do=diff 获取序列内容seq_content.pl 序列格式 基因序列文件的格式有多种，目前碰到的有如下几种： FASTA格式 >I_CSL_PS2507MT02 TTAAACTCAGCGGGTGGCCTCGCCCATCCTGGGGTCGCATTCCAAACGCCATCCATGGATTGACGCATGATTTTGG ATCTCCCAAAAAGTATGATCTTCTCTAAGGCATACGACACAATAACATAGGCCTTGATTTAATCCACCCCTTATTG TTCGCAGCCAACGAGATGATGACCTGCTCTTCAGCACACCGCGCCGAGGGGCACGAGGAGCCACTCTGCAC text/html 2014-11-01T02:02:49+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.gwduan.com/wiki/doku.php?id=computer:perl:species_la-verify&rev=1414807369&do=diff 植物拉丁名校验species_la-verify.pl 拉丁名 植物物种采用拉丁文的双名命名法，通常都很长。手工输入难免出错，一般都是错误一两个字母的情形，肉眼很难发现。如果我们有一个事先校验过的名录，只需将输入的拉丁名与名录中的名字做个相似性比较，就很容易发现并纠正此类小错误，从而可以避免后续分析处理时可能导致巨大误差的潜在风险。